Naissaare sadam teenindab mandri ja Naissaare vahel ühendust pidavat reisilaeva ning on harrastusmeresõitjatele teenuseid osutav külalissadam.
Sadam töötab salvestatud päikeseenergial, mistõttu laevade elektri tarbimine on eraldi tasu eest ja piiratud võimsusega.
Pesuvee (dušš) tarbimine samuti kokkuhoidlikkuse põhimõttel. Tekkivad jäätmed on soovitav kaasa võtta ja anda üle mandripoolses sadamas. Majutus- ja toitlustamissoov vajalik eelnevalt kokku leppida sadama telefonil või e-postiga.
Liinivedu teenindavad Sunlines ja Monica.