Tämä museo on omistettu Viron merenkulun historialle ja se sijaitsee yhdessä Tallinnan jyhkeimmistä tykkitorneista.
Paksun Margareetan torni ja siihen liittyvä Suuri rantaportti – kaksi äärimmäisen näyttävää puolustuslinnoitusrakennusta – seisovat suojaamassa kaupunkia Pikk-kadun pohjoispäässä. Niitä ei rakennettu yksin turvaamaan kaupungin merenpuoleista sivustaa, vaan myös tekemään vaikutus mereltä käsin saapuviin tulijoihin.
Nykyään Paksun Margareetan torni tarjoaa tilat Viron merenkulkumuseolle, joka puolestaan kertoo seikkaperäisesti virolaisen merenkulun historiasta. Esillä on sellaista esineistöä kuin neoliittisen kauden kalastusvälineitä, vanha sukelluspuku ja jopa kokonainen kajuutta 1950-luvun troolarista. Laaja museo käsittää historiallisen tornin neljä kerrosta.
Touko–syyskuussa kävijät pääsevät kiipeämään portaita pitkin myös tornin katolla toimivaan jäätelökahvilaan, josta avautuu postikorttimaisema sekä satamaan että vanhaankaupunkiin.
Virun porttien ohella Suuri rantaportti on jäljellä niistä kuudesta portista, jotka säätelivät kaupunkiin pääsyä keskiajalla. Tämä Pikk-kadun päädyn portti on peräisin 1300-luvulta, mutta se rakennettiin uudestaan 1500-luvun alussa ja silloin lisättiin myös Paksun Margareetan tykkitorni. Vuosina 1511–30 rakennettu jykevä, pyöreä torni on halkaisijaltaan 25 metriä. Korkeutta sillä on noin 20 metriä, ja seinät ovat jopa viiden metrin paksuiset.
Paksun Margareetan nimen alkuperä on mysteeri. Joidenkin teorioiden mukaan nimi tulee tornin suurista tykeistä, kun taas toiset väittävät, että tornissa olisi joskus työskennellyt samanniminen keittäjätär.
Niin tai näin, torni on palvellut kaupunkia useissa tehtävissä. Sitä on käytetty ruutivarastona, asevarastona ja vankilana.